Ispitivanja se vrše na osnovu Pravilnika o opštim i posebnim uslovima higijene hrane u bilo kojoj fazi proizvodnje, prerade i prometa („Službeni glasnik RS”, broj 72/10). Zavod radi ispitivanja svih mikrobioloških kriterijuma za hranu i to:

• Mikrobiološki kriterijum za hranu - Listeria monocytogenes
• Mikrobiološki kriterijum za hranu - Salmonella
• Mikrobiološki kriterijum za hranu - Enterobacteriaceae
• Mikrobiološki kriterijum za hranu - Escherichia coli
• Mikrobiološki kriterijum za hranu - Koagulaza pozitivne stafilokoke
• Mikrobiološki kriterijum za hranu - Broj aerobnih kolonija
• Mikrobiološki kriterijum za hranu - Plesni i kvasci
• Mikrobiološki kriterijum za hranu - Sulfitoredukujuće klostridije
• Mikrobiološki kriterijum za hranu - Bacillus cereus